До органів управління Центром економіко-правових досліджень належать: загальні збори засновників, директор, заступники директора, вчена рада, вчений секретар.
Загальні збори засновників приймають рішення про заснування Установи, визначення напрямів її діяльності, затвердження Статуту та внесення змін до нього, обрання (призначення) директора та його звільнення, затвердження звітів директора про діяльність Установи; створюють та ліквідовують філії та відокремлені підрозділи, приймають рішення про припинення діяльності Установи та про зміну складу засновників.
Чергові загальні збори засновників скликаються один раз на п’ять років директором. Позачергові загальні збори засновників можуть бути скликані директором або ж на вимогу (за рішенням) більше половини засновників.
Директор здійснює поточне керівництво діяльністю Установи, реалізує напрями діяльності Установи, визначені цим Статутом і рішеннями загальних зборів, призначає на посади та звільняє з посад всіх посадових осіб і працівників Установи, підписує (укладає) всі види угод та договорів без будь-яких обмежень, здійснює відкриття рахунків в установах банків та розпоряджається коштами, здійснює розпорядження майном Установи, приймає рішення про заснування (створення) друкованих засобів масової інформації та є їх головним редактором (з правом покладення обов’язків редагування на заступників директора чи вченого секретаря). Директор одноособово приймає рішення про створення (заснування) організаційних відділів (секцій), проектів, приймає осіб до складу учасників Установи, визначає розмір і порядок сплати ними членських внесків тощо. Директор одноособово або за клопотанням вченої ради Установи приймає рішення про відзначення осіб почесними званнями, грамотами, дипломами, подяками, стипендіями, преміями тощо. До повноважень директора входить відзначення певних осіб почесним званням «Почесний президент», «Президент», «Віце-президент» та іншими (на власний розсуд) та позбавлення вказаних звань. Директор також здійснює інші заходи відзначення (заохочення) на власний розсуд.
Заступники директора за напрямами діяльності (заступник директора з наукових питань, заступник директора з освітніх питань, заступник директора з господарських питань тощо) призначаються директором Установи залежно від наукових, освітніх або господарських потреб. Заступники директора підпорядковані директору та виконують його вказівки відповідно до покладених на них повноважень (за довіреностями, дорученнями) та згідно зі штатним розписом, письмовими завданнями, директивами та вказівками.
Вчена рада є колегіальним дорадчим органом, яку очолює під час проведення засідань директор або за його дорученням – заступник директора чи вчений секретар, і скликається за потребою. До її складу автоматично входять всі засновники Установи а також особи, призначені директором (з числа співробітників Установи та запрошених/залучених на договірних та інших засадах осіб). До компетенції вченої ради належить реалізація завдань Статуту та вказівок (рішень) загальних зборів у напрямі і в частині виключно наукової, освітньої та науково-технічної діяльності – визначення методик проведення досліджень, контролю за виконанням досліджень, схвалення результатів наукових та науково-технічних досліджень, рекомендації до друку (видання) наукових праць (статей, монографій, підручників тощо), затвердження результатів і висновків наукових і науково-технічних експертиз тощо, відзначення високих досягнень наукових та науково-технічних досліджень окремих осіб, ухвалює пропозиції про їх заохочення тощо. Рішення вченої ради приймаються більшістю голосів та підписуються директором (у випадку, коли засідання вченої ради провадилось без його участі – то у найкоротший термін після проведення засідання). Кожен член вченої ради має право висловити окрему думку з прийнятих питань (в разі незгоди з більшістю), яка підлягає оголошенню та обговоренню на наступному засіданні вченої ради з голосуванням за наслідком обговорення.
Вчений секретар призначається директором Установи та йому підпорядкований. До повноважень вченого секретаря входить організація засідань вченої ради, повідомлення членів (учасників) вченої ради про час і місце їх проведення, підготовка проектів рішень, доповідь порядку денного, за вказівкою директора у його відсутності – проведення засідань, оформлення їх результатів, інші організаційно-розпорядчі функції.
